O primeiro prefeito nomeado interinamente pelo Governador do Estado do Rio de Janeiro, foi o Dr Pedro da Silva Pontes, substituído por José de Oliveira, também interinamente, que a 18 de outubro de 1947, passou a pasta ao primeiro prefeito eleito do município de Nilópolis.

Governaram o município os seguintes prefeitos:

João Moraes Cardoso Júnior – 1947 a 1951.

Egídio Mendonça Thurler – 1951 a 1955.

João de Moraes Cardoso Júnior – 1955 a 1959.

Alfredo de Almeida Aleentajano – 1959 a 1963.

Dr Thales do Couto (Prefeito interino em 1962).

Eracydes Lima de Carvalho – 1963 a 1964.

João Batista da Silva – 1964 a 1966.

Zélio Sabino Barbosa (Prefeito interino em 1966).

Francisco Gonçalves Filgueiras (Interventor) – 1966 a 1967.

João Moraes Cardoso Júnior – 1967 a 1970.

Dr. Gilberto Castro Rodriguez (Prefeito interino em 1970).

Dr. Reinaldo Doile Maia (interventor Estadual) – 1971.

Dr. Sérgio Cardoso – 1971 a 1973.

Prof. Simão Sessim – 1973 a 1977.

Dr. João Batista da Silva – 1977 a 1981.

Zélio Sabino Barbosa (Prefeito interino de 1981 a 1982).

Miguel Abrãao David – 1983 a 1988.

Dr. Jorge David – 1988 a 1992.

Manoel da Silva Rosa – 1992 a 1996.

José Carlos Cunha – 1996 a 2000.

Farid Abrão – 2001 a 2008.

Sérgio Sessim – 2009 a 2012.

Osvaldo Costa (Prefeito interino em 2012).

Alessandro Calazans – 2013 a 2016.

Farid Abrão – 2017 a 2020.

Abraão David Neto – 2021 (Prefeito em exercício)